Negi Springfield, garçon de 10 ans est apprenti magicien. Pour terminer son stage et devenir un grand maître de magie (Magister), il doit devenir un professeur d'anglais à Mahora, un collège pour filles. Bien que son arrivée à Mahora surprenne la majeur partie des 31 filles de la 3-A (La classe dont Negi deviendras le professeur principal), certaines d'entres elles vont par la suite découvrir, son statut de magicien (un statut qu'il doit absolument garder secret). La première fille à découvrir ce secret, est Asuna Kagurazaki, une héroine un peu béliqueuse et qui déteste les enfants. Pourtant elle va devoir faire équipe avec le petit prof', car en plus d'une classe bien agitée, d'autres ennemis viendrons entraver la progression de Negi dans son périple vers le titre de Magister.
